2003年，上海海域环境质量基本保持稳定。上海外海、近海尚属清洁海域；近岸局部海域受到一定程度的污染，主要污染指标为无机氮和活性磷酸盐。
　　为保护和修复长江口、杭州湾海域海洋生态环境，提高海洋生态服务功能，本市开展了《上海市碧海行动计划》、《上海近海海洋生态建设行动计划》编制工作。加强区域合作，与江、浙两省共同制定《长三角近岸海域海洋生态建设行动计划》。
　　船舶污染防治力度不断加大。上海海事局等相关部门进一步规范进出上海港船舶污染物申报、接收、处理制度化管理，全年共接收处理油污水29.5万吨，A类散装化学品洗脱水近400吨；强化监管，加大执法力度，上海海事局共对3143艘次中外籍船舶实施污染检查，查处违章船舶277艘；强化应急管理制度和体系，在市政府和交通部正确领导下，上海海事局会同市相关部门成功处置了8.5黄浦江特大油污染事故，将污染损失减到最低程度。
　　依法治港进程加快，《上海港防止船舶污染水域管理办法》修改全面启动；上海市港口管理局的成立和港口法的正式实施，使上海港区污染防治从法制、体制上进一步得到了保证。
　　按照《上海市赤潮防治工作预案》的要求，加大了长江口海域赤潮监视监测力度，加强了水产品批发市场和集贸市场海产贝类的赤潮毒素检测力度。全年共进行了5次市场采样，对10个水产品市场上18种贝类67份样品进行了赤潮毒素检测。