我院早在1957年就已从事处理工业含酚废水的试验研究和工程设计（南京制药厂），1960年又承担放射性废弃物的治理（跃龙化工厂），成为当时国内极少数的“三废”这里开拓单位之一。近二十年来，本院承接的工业“三废”治理项目遍及医药、石油化工、农药、精细化工、染化、印染等各个行业，内容包括技术咨询、研究开发、可行性研究、工程设计等，每年完成的各类“三废”治理设计项目20余项。近年来我院完成的环保工程设计主要有：
中科院上海生物工程实验基地三废焚烧炉
杭州化工厂三废焚烧炉
扬子石化总厂PTA装置废气焚烧炉
上海第二制药厂6000m3/d废水处理装置 COD总量为7.5 t/d
上海第三制药厂650m3/d废水处理装置 COD总量为1.3 t/d
上海长征制药厂5000m3/d废水处理装置
上海石化总厂涤纶厂4082m3/d废水处理装置 COD总量为13 t/d
上海试剂厂1500m3/d废水处理装置 COD总量为8 t/d
苏州化工厂5200m3/d废水处理装置 COD总量为6. 76 t/d
中原制药厂7400m3/d废水处理装置 COD总量为13.4 t/d
山东济南涤纶厂4146m3/d废水处理装置 COD总量为10 t/d
广州制药厂4250 m3/d废水处理装置
扬子石化总厂PTA装置8400m3/d废水处理装置 COD总量为76 t/d
辽阳石化公司PTA装置5000m3/d废水处理装置 COD总量为30 t/d
南通醋酸纤维（二期）5000m3/d废水处理装置 COD总量为5 t/d
蚌埠果品厂2000m3/d废水处理装置 COD总量为8.2 t/d
济宁抗生素5000 m3/d废水处理装置 COD总量为7 t/d
四川长征制药厂5000 m3/d废水处理装置 COD总量为5 t/d
上海化学工业区污水处理厂（一期工程）7000 m3/d废水处理装置
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