环科所获得环评资质后主持完成了崇明县城桥镇生活垃圾中转站、上海肯德基有限公司崇明店等70个岛内建设项目的环境影响评价工作，其中上海源创数码科技有限公司液晶显示器生产项目经市环保局审批通过，其余均通过了县环保局的审核。

     同时于2001年8月参与了上海大学对上海汇谷生物技术有限公司环评报告书的编制工作，于2002年4月参与了船舶工业第九设计院对上海船厂一期工程环评报告书的编制工作，完成了其中污染源调查、周边地区生态环境调查、民意调查及项目建设与崇明生态相容性分析等内容，分别通过了县、市环保局的审批。

    环科所按照咨询服务待业公认的准则开展环保工程项目的设计工作，积极能耐与污染治理，完成的具有代表性的工程项目有上海市瀛春毛纺厂废水治理改造工程和治理废水排江工程项目、崇明县种畜场院崇明县奚东沙等15家畜牧场的畜禽粪便综合治理工程。前者项目投资250万元，废水日处理量1200吨，敷设排江管道6400米，项目实施后，彻底解除了企业的后顾之忧，解决了尖锐的厂群矛盾，提高了当地前进、大新两水厂饮用水源水质；后者累积总投资1665万元，是市政府自1999年度至2003年度要完成的实事工程之一，项目设计采用新型地埋式无动力厌氧处理装置和自然或微动力好氧设施（无动力A/O生物治理工程），以综合治理畜禽粪便为目标，遵循减量化、资源化、无害化、生态化的治理措施，衽饮污分流、雨污分流、干湿分离、固液分离、厌氧好氧等方法，使用权经过处理的畜禽污水达到《上海市畜禽兽污染防治暂行规定》的排放要求，同时改善禽牧场的卫生状况，提高周边地区的环境质量。因此，环科所通过承接完成岛内一系列的环保工程项目，对保持崇明水、土、气净的环境优势，创建国家级生态示范区作出了贡献。