上海船舶运输科学研究所（亦即交通部上海船舶运输科学研究所）成立于1962年，原直属交通部，现直属国务院国有资产监督管理委员会。上海船舶运输科学研究所自88年起就开始从事环境评价工作，是最早获得国家环保总局颁发的甲级环评证书单位之一，并于1990年就成立了环境评价部。2002年起又被国家环保局指定为能从事竣工验收调查的试点单位之一。

  主要研究开发领域有：新型船舶及运输系统、船舶主动力控制系统、航运安全及电子信息技术、环保技术及系统工程、工业自动化系统、智能交通系统、港口机械及节能技术等，开展新技术、新装备及系统工程的论证、评价、开发、设计、生产、经营以及工程承包、施工监理、技术咨询业务。

  拥有环境评价、环境工程、勘察设计、工程咨询甲级证书；建筑工程设计、建设监理乙级证书；设备安装二级证书；以及公路三大系统施工资质证书等，并于97年通过ISO9001质量体系认证。

  现有职工近千人，其中技术人员500余人，具有高级职称（包括研究员、研究员级高级工程师）的人员200余名，国家级有突出贡献的中青年专家4名，享受政府特殊津贴的高级专业技术人员50余名。经国务院学位委员会批准，设有四个硕士研究生培养点（通信与信息系统、交通信息工程及控制、船舶与海洋结构物设计制造、轮机工程）。

  建所以来，共取得重大科技研究成果1075项，其中获国家、交通部和上海市科技进步奖、发明奖和优秀新产品奖289项。近十年共获得专利28项。

  改革开放以来，坚持“两个文明”一起抓，发扬“团结、求实、创新、奉献”的船研精神，先后获得全国“五一”劳动奖状先进集体、交通部两个文明建设先进单位、全国交通系统先进科研单位、上海市“红旗集体”等荣誉称号，1991年以来连续十年被评为上海市文明单位。